Les recherches sur la Tuberculose (TB) à l’IPG et le diagnostic de cette maladie au niveau de la région Antilles/Guyane a débuté par la création d’un laboratoire dédié en 1993, devenu en 2009 Laboratoire Supra National de Référence de l’OMS.

 

La tuberculose est aujourd’hui la neuvième cause de décès dans le monde et la première maladie infectieuse en terme de mortalité devançant le VIH/SIDA avec en 2016, 1.3 millions de décès pour TB, et 374 000 décès supplémentaires en coinfection tuberculosis/VIH pour 10.4 millions de cas de TB au total (WHO TB report 2017). La TB demeure donc un problème économique et sanitaire grave, non seulement dans les pays en développement, mais aussi au sein des nations développées, en raison des co-infections TB/VIH et de l’émergence de souches multirésistantes aux médicaments (MDR – 490 000  cas) et, plus récemment, de souches ultrarésistantes (XDR), compliquant encore la gestion de la maladie. Cependant, on estime qu’une meilleure prise en charge du diagnostic et du traitement ont permis de sauver 53 millions de vies entre 2000 et 2016, et l’incidence de la TB a baissé en moyenne de 1,5% par an depuis 2000. Il faut néanmoins accélérer cette tendance pour parvenir à une réduction annuelle de 4% à 5% et atteindre les objectifs fixés pour 2020 dans la Stratégie de l’OMS pour mettre fin à la TB.

L’étude de l’histoire évolutive, de la phylogénie et de l’épidémiologie de M. tuberculosis, l’agent étiologique de la TB a grandement profité ces dernières années du développement de nouveaux outils de typage moléculaire permettant de définir 7 lignées de M. tuberculosis.  Ces données de typage ont permis d’alimenter à l’IPG, la base de données SITVIT2 (une mise à jour de SITVITWEB) qui regroupe les profils de plus de 110000 souches du complexe M. tuberculosis et constitue aujourd’hui la plus importante base de données en la matière.

L’essor récent du séquençage de génome complet (WGS) permet d’aller plus loin dans la caractérisation des souches de M. tuberculosis et grâce au développement récent des capacités en bio-informatique de l’IPG, nous développons différents programmes de recherche visant notamment :

  • la description de nouvelles sous-lignées de tuberculosis
  • la circulation des résistances aux antibiotiques
  • la reconstruction de l’histoire évolutive de lignées et sous-lignées d’intérêt
  • l’exploration de mécanismes pouvant expliquer les spécificités phylogéographiques observées

Ces projets passent par la mise en place de pipelines bio-informatiques développés en interne et en collaboration avec différentes équipes du RIIP notamment l’Unité de Bioinformatique de l’Institut Pasteur de Montévideo