Les amibes libres (ALs) sont des micro-organismes eucaryotes unicellulaires (protistes) que l’on trouve partout dans le monde, principalement dans les habitats aquatiques et terrestres. Les ALs ont principalement 2 formes : le trophozoïte (la forme métabolique et réplicative de l’amibe) et le kyste persistant (qui résiste aux processus de désinfection de l’eau et les traitements thérapeutiques). Les ALs sont capables de mener une vie autonome dans l’environnement. Cependant, les amibes du genre Acanthamoeba spp., et les espèces Naegleria fowleri, Balamuthia mandrillaris et Sappinia pedata sont responsables de pathologies cérébrales rares dont l’issue est souvent mortelle (jusqu’à 95 % de mortalité). De plus, Acanthamoeba peut provoquer une kératite amibienne, une infection douloureuse de la cornée. Les ALs sont également des réservoirs bien connus de bactéries résistantes aux amibes (BRAs) contribuant possiblement à la propagation de bactéries pathogènes (telles que Legionella). Il est donc important de mieux étudier ces microorganismes fascinants (notamment en utilisant une approche « One Health ») et sensibiliser davantage aux maladies associées. Les activités de l’équipe Amibes se développent sur 3 axes de recherche
Axe 1 - Biologie et pathogenèse de Naegleria fowleri
N. fowleri, connue sous le nom d’”amibe mangeuse de cerveau” est l’agent causal d’une méningo-encéphalite amibienne primitive (MEAP). Le 1er cas de MEAP en France a été diagnostiquée en 2008, en Guadeloupe. Il est estimé que les cas de MEAP pourraient augmenter en raison du changement climatique. Il est donc nécessaire d’améliorer les connaissances sur la pathogenèse de N. fowleri, ce qui aura à terme un impact sur le développement de thérapies efficaces. Pour cela, nous utilisons différentes approches OMICs et cellulaires mais aussi de la bio-informatique afin de mieux comprendre les mécanismes de virulence de N. fowleri et leur impact sur la réponse de l’hôte.
Axe 2 – Diversité des Amibes Libres en Guadeloupe et caractérisation de leur microbiome associé
Les ALs sont abondantes dans les eaux chaudes de baignade et dans les sols en Guadeloupe. Nous avons observé que les kystes amibiens hébergent différents genres bactériens (dont certains pathogènes pour l’homme) et que certaines espèces d’ALs entretiennent des relations permanentes ou transitoires avec leur bactéries associées. Ceci peut constituer une menace potentielle pour la qualité de l’eau et la santé humaine. L’équipe Amibes vise à mieux comprendre ces interactions eucaryote-procaryote en utilisant des approches cellulaires, multiOMICS, bio-informatiques, mais aussi la microscopie (SEM, TEM, FISH).
Axe 3 - Services / Santé publique
Cet axe n’est pas directement associé à un projet de recherche fondamentale, mais à un appui au service de santé humaine (ARS Guadeloupe, ANSES – Nancy, CHU Guadeloupe) pour la détection et l’identification des amibes libres en Guadeloupe (méningite, kératite, ou autres).
- Isabel MARCELINO – PhD, HDR
- Nina ALLOUCH – Ingénieure en Bio-informatique
- Aurélie DELUMEAU – doctorante, 1ᵉ année, Université des Antilles
- Virginie NERRIERE – Technicienne supérieure de laboratoire (LMMS)
- Isaure QUETEL – Ingénieure en Bio-informatique (travaille également avec les autres équipes de l’IPG)
- Youri VINGATARAMIN – doctorant, 3ᵉ année, Université des Antilles
Axe 1 - Identification des facteurs de virulence chez Naegleria fowleri – financement FEDER MALIN, FEDER Une Santé, MESRI
Afin de comprendre comment les amibes libres du genre Naegleria sont capables de s’adapter à une grande diversité de milieux (notamment le cerveau humain, pour N. fowleri), nous avons construit le « pangénome » du genre Naegleria, c’est-à-dire un catalogue complet de gènes essentiels (impliqués dans les processus de survie) et dispensables (qui pourraient appliquer les différences de capacités infectieuses). (Dereeper et al. 2023, doi :10.3389/fmicb.2022.1056418)
Axe 2 - Diversité des amibes libres en Guadeloupe et caractérisation de leur microbiome associé – financement FEDER MALIN, FEDER Une Santé, MESRI, GwadAmib’o (ARS, Office de l’Eau).
Répartition des 5 principaux genres d’amibes libres présents dans le sol en Guadeloupe (Reynaud et al 2020. doi: 10.3390/pathogens9060440)
