La résistance des bactéries aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique au niveau mondial, attribué en grande partie à l’usage inapproprié des antibiotiques, au manque de nouveaux traitements et à la circulation des bactéries résistantes entre les hommes, les animaux et l’environnement. La résistance aux antibiotiques peut être assimilée à la partie émergée d’un iceberg, où les défis visibles ne représentent qu’une fraction d’un problème plus vaste. Face à cette urgence, l’équipe de recherche « Écologie Microbienne » concentre ses efforts sur l’identification les sources environnementales et des vecteurs de diffusion de l’antibiorésistance. Notre objectif est d’évaluer et de prévenir les risques de transmission vers les populations humaines.

 

Nos travaux de recherche s’articulent autour de 3 axes majeurs, visant à :

 

  • Approfondir notre compréhension des réservoirs de résistances en adoptant une approche intégrative Une Santé, qui englobe les infections communautaires, les animaux d’élevage et domestiques, la faune sauvage, les eaux usées, ainsi que les écosystèmes spécifiques tels que les mangroves.
  • Élucider les facteurs qui favorisent l’émergence et la diffusion de l’antibiorésistance, incluant les pressions de sélection écologique, les déterminants de la résistance et leurs mécanismes sous-jacents.
  • Explorer et développer des méthodes alternatives pour combattre l’antibiorésistance, notamment en investiguant le potentiel antibactérien de phytochimiques issus d’extraits de plantes médicinales, d’extraits modifiés et en caractérisant leurs propriétés phytochimiques.

 

À travers ces axes de recherche, notre équipe s’engage à définir des stratégies innovantes pour faire face à la menace croissante de l’antibiorésistance, dans le but de protéger la santé humaine et de préserver l’équilibre des écosystèmes.

Equipe
  • Edlyne Colletin – Étudiante en thèse de doctorat de Microbiologie
  • Séverine FERDINAND – Microbiologiste moléculaire
  • Isaure Quétel – Ingénieure en bio-informatique
Projets

Axe 1 : Financement ACIP

Épidémiologie génomique d’Acinetobacter spp. et phylodynamique de la diffusion de la résistance Projet ACIP n° 702- 2023 ACIPhylo

Ce travail fournira les premières données sur la cartographie d’Acinetobacter dans trois régions françaises. Tout d’abord, le consortium échantillonnera des zones naturelles et hospitalières afin de détecter et de séquencer les souches d’Acinetobacter spp. présentes chez les humains et dans l’environnement. Le séquençage permettra aux chercheurs d’effectuer des analyses comparatives pour identifier et d’annoter les gènes de résistance aux antimicrobiens et les facteurs de virulence d’Acinetobacter spp. Ce travail donnera accès à une approche comparative des souches d’Acinetobacter spp, permettant une compréhension intégrée de la phylogénie de ces bactéries, et donc de leur dynamique d’acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques, en particulier dans l’environnement hospitalier.

 

Axe 2 : Financement FEDER MALIN

Objectifs : Cette étude visait à comprendre l’origine et à expliquer le maintien des Entérobactéries productrices de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) isolées chez des animaux destinés à l’alimentation dans une ferme exempte de l’usage de céphalosporines de troisième génération (C3G).

Méthodes : Des approches de bactériologie et de biologie moléculaire ont été utilisées pour tester des molécules autres que les C3G telles que des antibiotiques (tétracycline, oxytétracycline), des antiparasitaires (ivermectine, fluméthrine, fenbendazol, amitraz), des métaux lourds (arsenic, HNO3, aluminium, HNO3, cadmium (CdSO4), zinc (ZnCl2), cuivre (CuSO4), fer (FeCl3), aluminium (Al2 SO4) et un antioxydant (butylhydroxytoluène) en tant que sources de pression sélective. Le séquençage du génome entier à l’aide des technologies de lecture courte (Illumina™) et à lecture longue (Nanopore™) a été réalisé sur 34 génomes. Un criblage génique in silico et des analyses comparatives ont été utilisés pour caractériser les déterminants génétiques de la résistance, leur mobilité et la parenté génomique entre les isolats.

Résultats : Notre analyse a révélé une faible diversité parmi les souches animales productrices de BLSE. Notamment, E. coli ST3268 a été isolé de manière récurrente à la fois chez les mouches (n=9) et chez les bovins (n=5). Nos résultats suggèrent que les mouches peuvent agir comme des vecteurs mécaniques efficaces pour le transfert de gènes de résistance aux antibiotiques, capables de transporter des bactéries résistantes dans différents environnements et vers de multiples hôtes. Une concentration minimale inhibitrice moyenne de l’oxytétracycline significativement élevée et la surexpression du gène blaCTX-M-15 liée à l’exposition à l’oxytétracycline ont apporté la preuve que cet antibiotique exerce une pression sélective sur les E. coli BLSE.

Conclusions : La présence d’E. coli BLSE dans une ferme n’utilisant pas de C3G est probablement due à une origine humaine non encore définie de la transmission du gène blaCTX-M-15 des Entérobactéries aux animaux en contact étroit avec les travailleurs de la ferme bovine et au maintien du réservoir local d’E. coli BLSE par une grande diversité de mouches et une pression sélective de l’oxytétracycline. Ces résultats soulignent la nécessité d’une lutte antivectorielle rigoureuse pour atténuer la propagation de la résistance des bactéries aux antibiotiques et préserver la santé publique. Pour résoudre ce problème, il est nécessaire d’adopter une approche multidisciplinaire combinant la génétique microbienne, l’écologie des vecteurs et les pratiques de gestion agricole.

Axe 3 : Financement Interreg Caraibes

Le projet CARIBPHLORE vise à valoriser la flore caribéenne en analysant les propriétés anti-bactériennes et anti-vectorielles d’extraits de plantes produits à l’aide de méthodes « vertes ». La finalité étant de pouvoir caractériser les molécules actives et de disposer d’alternatives potentielles aux traitements chimiques. Ce projet a fait l’objet d’un partenariat entre des équipes de recherche en Guadeloupe et dans la Caraïbe et le tissu associatif local. Il s’est inscrit dans le cadre du programme Interreg Caraïbes financé par le Fond européen de développement régional (FEDER). Les résultats en images…

Lien vers reportage TV https://www.facebook.com/watch/?v=671088114703570